În subordinea Administraţiei Naţionale a Penitenciarelor sunt 33 de penitenciare, 2 penitenciare pentru minori şi tineri (Craiova şi Tichileşti), Penitenciarul de femei Târgşor, 6 penitenciare-spital (Bucureşti-Jilava, Bucureşti-Rahova, Colibaşi, Dej, Poarta Albă şi Târgu-Ocna) şi 2 centre de reeducare (Centrul de reeducare Buziaş, Centrul de reeducare Târgu Ocna), conform organigramelor principalelor categorii de unităţi din anexe. Din sistemul administraţiei penitenciare mai fac parte două centre de pregătire a personalului (Centrul de Formare şi Specializare a Ofiţerilor din Administraţia Penitenciară Arad, Şcoala Naţională de Pregătire a Agenţilor de Penitenciare Târgu Ocna), Baza de Aprovizionare, Gospodărire şi Reparaţii Jilava şi Subunitatea de Pază şi Escortare Deţinuţi Transferaţi.

Administraţia Naţională a Penitenciarelor este serviciul public responsabil cu aplicarea regimului de detenţie şi cu asigurarea intervenţiei recuperative, în condiţii care garantează respectarea demnităţii umane, facilitând responsabilizarea şi reintegrarea în societate a persoanelor private de libertate şi contribuind la creşterea gradului de siguranţă a comunităţii, menţinerea ordinii publice şi securităţii naţionale.

Administraţia Naţională a Penitenciarelor aplică în domeniile de competenţa sa strategia Guvernului României privind executarea pedepselor şi măsurilor privative de libertate pronunţate de instanţele judecătoreşti.