Prima atestare documentară a unei „temniţe” pe meleagurile botoşănene o găsim în anul 1832, ulterior în 1879, în data de 8 martie, primăria Botoşanilor a achiziţionat o casă boierească, cu „tot cu acareturi” care a funcţionat ca închisoare şi penitenciar, până în 1964. Urmare Hotărârii Consiliului de Miniştri din 30 decembrie 1956, s-a dispus preluarea de către Penitenciarul Botoşani a efectivului fostului penitenciar din Suceava, iar începând cu data de 05.11.1960, majoritatea deţinuţilor politici care proveneau din rândurile partidelor istorice au fost concentraţi la penitenciarul din Botoşani.
Clădirile penitenciarului actual sunt rodul unor lucrări inginereşti strict funcţionale. Unicul pavilion care data din anul 1899 a fost demolat, pe acel amplasament construindu-se un nou pavilion de deţinere cu două etaje.
În conformitate cu prevederile Legii 254/2013, supravegherea şi controlul asigurării legalităţii în ceea ce priveşte executarea pedepselor privative de libertate se face sub controlul judecătorului de supraveghere a privării de libertate desemnat de către preşedintele Tribunalului Botoşani. Profilul unităţii este de custodiere a persoanelor private de libertate clasificate în regim semideschis şi persoane aflate în stare de arest preventiv (cu pedepse de până la trei ani), deservind un număr de 28 de instanțe de judecată și de urmărire penală de pe raza județelor Botoșani și Suceava.
Penitenciarul Botoşani face parte din grupul regional Nord-Est, alături de Penitenciarul Iaşi (unitate coordonatoare), Penitenciarul Bacău, Penitenciarul Vaslui, Penitenciar-Spital Tg. Ocna, Şcoala Naţională de Pregătire a Agenţilor de Penitenciare Tg. Ocna şi Centrul de Reeducare Tg. Ocna.